Penentuan Patotipe Molekuler Virus Newcastle Disease: Isolat Lapang di Tiga Wilayah Kabupaten Jawa Timur

Erin Kurnianingtyas, Surachmi Setiyaningsih, Agustin Indrawati

Abstract


Tujuan penelitian ini adalah mengkaji keberadaan dan karakteristik molekuler virus newcastle disease (VND) di tiga wilayah Kabupaten di Jawa Timur. Sampel usapan kloaka diambil dari 289 ekor unggas (262 ekor ayam dan 27 ekor bebek) pekarangan, pedagang di pasar unggas hidup, peternak, dan pengepul di wilayah Kabupaten Probolinggo, Situbondo, dan Bondowoso. Sampel usap kloaka ditumbuhkan pada telur ayam berembrio (TAB) dan deteksi virus dengan Real Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) matrix (M). Patogenisitas virus ditentukan melalui rRT-PCR Fusion (F) dan sekuen gen F. Sejumlah delapan isolat lapang VND yang didapat, semuanya mempunyai afinitas lebih tinggi dengan serum Komarov dibandingkan dengan B1. Hal tersebut sesuai dengan reaksi positif yang ditunjukkan oleh rRT-PCR F. Analisis sekuen nukleotida menegaskan adanya motif asam amino multibasic pada cleavage site protein F, terbukti dari enam isolat asal ayam dan satu isolat asal bebek memiliki motif 112RRQKRF117, sedangkan satu isolat asal bebek lainnya mempunyai motif112RRRKRF117.


Keywords


virus newcastle disease, rRT-PCR, fusi, matrik, multibasik

Full Text:

PDF


Copyright (c) 2016 ACTA VETERINARIA INDONESIANA - Indonesian Veterinary Journal

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

Acta Vet Indones (p-ISSN: 2337-3202; e-ISSN: 2337-4373) is an open access, peer-reviewed, online journal that published by the Faculty of Veterinary Medicine of the Bogor Agricultural University (FKH IPB), Jln. Agatis Kampus IPB Dramaga, Bogor, 16680, Jawa Barat, E-mail: acta.vet.indones@gmail.com

 

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

View My Stats